| 初代 会長 | 柴田 承二 昭和33年～昭和39年 |
| ２代 会長 | 伊藤 四十二 昭和39年～昭和41年5月 卒業生就職動向を昭和26年卒業生に遡って調査 |
| ３代 会長 | 野上 寿 昭和41年5月～昭和51年5月 昭和42年2月日本薬剤師会が薬学教育協議会に「薬学教育の改善について」要望昭和51年5月薬学教育コア・カリキュラム作成 |
| ４代 会長 | 高木 敬次郎 昭和51年5月～昭和58年5月 昭和51年11月に教育協議会高木会長名で全大学に薬学教育基準について意見書 |
| ５代 会長 | 田村 善蔵 昭和58年5月～平成2年5月 昭和58年7月田村会長から諮問された薬学教育の教科内容と修業年限に関する専門委員会答申が昭和61年5月辰野委員長から田村会長へ提出 |
| ６代 会長 | 宮崎 利夫 平成2年5月～平成8年5月 |
| ７代 会長 | 辻 章夫 平成8年5月～平成14年7月 薬学部学生の長期病院・薬局実習のための調整機構に関する専門委員会答申 |
| ８代 会長 初代 理事長 |
井村 伸正 平成14年7月～平成17年5月 法人化 「有限責任中間法人薬学教育協議会」 法人化に伴い、井村 伸正会長 より 理事長 へ役職名変更 |
| ２代 理事長 初代 代表理事 |
望月 正隆 平成17年5月～平成30年6月 法人法改定に伴い、望月 正隆理事長 より 代表理事 へ役職名変更 平成21年5月法人格変更 「一般社団法人薬学教育協議会」 |
| ２代 代表理事 | 本間 浩 2018年7月～ |
