両課程とも国から薬学教育課程として認可されています。両者の教育目標が違い、6年制課程が薬剤師養成を主たる目標にするのに対して、4年制課程は研究者養成を主たる目的としますが大学ごとの自由度が高い目標設定が可能です。
6年制課程の学科名は薬学科がほとんどです。一方、4年制課程は薬学科の名称を使用できませんので、多くは薬科学科と称しています。
薬学部在籍学生の90%以上が6年制課程に属しますが、国立大学では半分以上が4年制課程に在籍しています。なお、入学時には学科を決めず、3または4年進学時に振り分ける大学もあります。