薬と健康についての高度な研究に支えられた教育により、有為な薬学専門職業人を育成し、それらを通じて社会に貢献します。また、本学の薬学についての基本理念は「人と環境にやさしい薬学（グリーンファーマシー）」とし、これに基づいて教育・研究・地域貢献を行います。
学部の教育目標は、「薬学専門職業人の育成」であり、具体的には「広い学術的知識とともに、深い薬学に関する学理と技術を有し、常にヒトと環境への配慮を行いつつ、知的・道徳的に優れ、また応用力のある人材を育成する」ことにあります。

本学の建学精神「技術者たる前によき人間たれ」のもと、医療人としての高度な知識や技術を持つことはもちろん、高い倫理観と強い使命感をもち、地域医療・保健・福祉に貢献する、人間性豊かな薬剤師の育成を目指しています。また、チーム医療の一員として、医療現場で働く臨床家としての薬剤師はもとより、臨床マインドを持った薬学・生命科学研究者、技術者の育成も目指しています。本学は、医療総合大学ならではのカリキュラムとして、チーム医療を深く学べることや、在宅医療等の地域医療活動についても専門教員から学べることが特徴です。2020年4月に設置した施設は新しく、最新の実習機器も揃えるなど、充実した教育・研究環境が整っています。

本学では、大局的な視野に立って、社会のニーズを感知できる人材を育成するための教養教育、国際化に対応できる語学教育、基礎学力・倫理感・コミュニケー ション能力の醸成を目指した専門基礎教育、薬剤師および薬科学士としての薬の専門家を養成する薬学専門教育を教授するとともに、問題設定と解決能力の醸成のための卒業研究に力を入れています。人類の未来に貢献できる人材の育成という大きな使命感を持って、教育研究を推進しています。薬学は生命と健康に関わる体系的な学問分野であり、薬学科（６年制）では高度な専門知識と倫理観を有する人材を、薬科学科（４年制）では研究者、高度専門職技術者となれる人材を育成します。

名古屋市立大学は、薬学部の他に医学部と看護学部をもち、６年制学科においてはこれら医療系３学部の連携によるチーム医療の教育を早期から行うなど特色ある教育を行うとともに、高い問題発見・解決能力をもつハイレベルの薬剤師、地域医療へ貢献する薬剤師の養成に力を入れています。また４年制学科においては、創薬研究者・技術者の養成のための独自の講義や演習科目を１３科目設けるとともに、早期の研究体験や卒業研究室配属を行い、最先端の研究にいち早く参加できる体制をとっています。平成２５年夏には、新しいキャンパスも完成し、講義・実習施設はいうまでもなく、図書館や研究施設も一新され、優れた教育・研究環境が整っています。

本学は、薬学の確かな知識、技能とともに、生命の尊さを知り、豊かな人間性と倫理観をもつ人材を養成し、人々の健康と福祉の向上に貢献することを教育理念とし、1954年創立以来、約14,000名の卒業生を世に送り出してきました。伝統ある臨床薬学教育の実績に基づき、高度な薬物治療力を養う統合型薬学教育の薬物治療学、連携病院施設での高度なアドバンスト教育、上級生が下級生を指導補助するエイジミキシング等ユニークな教育システムを導入しています。2007年1月に新1号館（教育棟）が竣工、2012年10月に最先端の研究装置と環境が整備された研究棟である新2号館が完成、2014年春には教育棟である新3号館が完成予定と、教育研究環境の整備が進んでいます。

本学部は、キリスト教的価値観を基盤として豊かな人間性を支える教養と時代に即した専門知識・技能を身につけ、自ら問題を見出し、適切な判断に基づいて解決策を講じ、実践できる女性薬剤師を育てます。新しい「医療人」として地域福祉やチーム医療に貢献するためのコミュニ ケーション能力を身につけることを重視し、１年次からPBL(problem-based learning)を取り入れ、学年をこえたチームの中でのコミュニ ケーション能力、問題解決能力を育むカリキュラムを採用しています。知識・技能に加え、人心を思い遣ることが出来る人材育成を通じ、多くの女性薬剤師の活躍が支えてきた医療現場を新たな力でさらに発展させ、社会貢献することが本学部の使命です。

本薬学部では、病院薬局・保険薬局での半年間の実務実習に対応して、予備実習を重視し、特に他に先駆けて模擬薬剤部や模擬薬局・模擬病室、無菌製剤室に、すべて最新の機器を揃えた薬剤実習センターを設置しています。また、総合大学の利点を生かし、歯学部や心身科学部、歯学部附属病院と連携したカリキュラムが特色のひとつで、薬剤師として求められるセルフメディケーションから処方せん医薬品までの包括的な薬学知識と、疾病に関する高度な専門知識、確かな実務能力を修得します。確かな薬学・医学知識はもちろんのこと、いたわりの心を持ち、コミュニケーション能力を備えた薬剤師を育成します。

本学薬学部の第一の特徴は「少人数教育」（入学定員100名に対し、教員は50名近くいます）で、質の高い医療人としての薬剤師の養成を目指している点であります。第二の特徴は、本学では医療系総合大学なので、既存の3学部7学科の一連の講義を聞くことができます。栄養学、東洋医学、福祉学などを身につけ、「かかりつけ薬剤師」として幅広く健康相談もできるよう目指しています。第三の特徴は、三重大学、特に医学部や病院での連携であります。その連携により、薬学的臨床研究の実施が可能であります。第四に、健康、医療に関する生命科学を学び、創薬（医薬品開発）に貢献できる研究者の養成を目指します。