本学薬学部は、「薬学をとおして人の健康を守る」という高い志と倫理観・研究心を持ち、薬剤師資格を得た優れた薬学人を養成し、もって山口県を中心とする地域に貢献することを目的とします。公立大学の薬学部として、健康医療に係る地方創生の課題に積極的に取り組み、教育研究を通して人びとの健康増進と地域の発展に貢献します。
薬学科では、入学者全員が薬剤師免許を取得することを前提に、医療・臨床薬学、創薬科学、社会健康薬学の領域で活躍できる、質の高い薬学教育を行うことを特色とします。

臨床薬学科（6年制）では、広い視野と豊かな人間性を有し、かつ医療人としての質の高い薬剤師を育成するとともに、医療薬学の将来を担う指導者、教育や、研究者へと発展可能な人材を育成することを目指しています。創薬科学科（4年制）は、創薬研究に関連する教育を強化し、社会でできる職業研究者、ならびに最先端の創薬研究において国際的に活躍できる指導的研究者の養成を目指しています。

建学の精神である「個性の伸展による人生練磨」の基に、本学は薬学を志す学生に、広く薬学の専門的な知識・技能・態度を授け、実践的な能力を有する薬剤師を育成することを目的とし、医療福祉の向上、学術の深化に貢献することを使命としています。６年制薬学教育の導入に伴い、第一薬科大学は、医療人として高い専門知識や臨床能力を持つとともに、患者さんの気持ちに寄り添い、相手の立場に立って心情を深く理解する心(「惻隠の情」)を兼ね備えた薬剤師の養成に取り組んでいます。

本学部は6年制一貫教育の中で、１．「チーム医療」の現場で医師や看護師などと協力・活躍できる薬剤師、２．全人教育（医療人としての幅の広い人間性の醸成のための教育）により、豊かな教養教育を身に付けた薬剤師、３．医薬品に対する深い専門的知識と医療人としての確固とした倫理観と研究マインドを持った質の高い薬剤師、 ４．環境や食品衛生の向上に寄与し、人々の健康維持・増進に貢献しうる薬剤師、５．臨床マインドを持って医薬品の開発、創薬などに従事する薬剤師など、医療、研究、教育従事者の養成を教育目標とします。

本学部は2020年4月に開設した福岡県南地区初の薬学部です。高い国家試験合格率の実績を持つ大田原キャンパス薬学部の15年にわたる教育理念やカリキュラムを踏襲しながら、基礎薬学と臨床薬学のバランスの取れた教育、特に実務実習教育に重点を置き、実践的で質の高い薬学教育を展開します。新設した福岡薬学部棟には、「模擬調剤薬局」をはじめ各種実習室を整備しています。また、附属病院や隣接する高木病院をはじめとした関連医療施設と緊密に連携して参ります。他学科と1つのチームになって多職種連携を学ぶ「関連職種連携教育」も本学ならではの特長的な教育です。チーム医療の一員として活躍できる臨床に強い、人間性・社会性・国際性豊かな薬剤師の養成をめざします。

薬学部はこの大学院医歯薬学総合研究科につながる学部組織です。本薬学部では「ヒトの健康をめざして」を標語とし、全国でも屈指の高い能力をもつ教員陣が教育と研究にあたっています。また、以前より国際化にも力を注いでおり、諸外国大学との学術交流を常時行い、最近では外国人学生向けの英語による博士課程コースも併設していますので、居ながらにして国際感覚を養えます。このような環境の下での教育の結果として、薬剤師国家試験の合格率は常に高く、多くの人材を病院薬剤部、薬局に送り出してきました。

本学科の大きな特色として、人間社会学部および健康管理学部との連携があります。これは薬学６年制教育の充実を図り、人間性が豊かで質の高い薬剤師を養成するための本学独自の試みです。その背景には、社会の高齢化に伴う医療の急激な変化があります。薬剤師の職域も、薬局・病院薬剤部だけでなく、在宅医療や介護現場を念頭に置いた地域医療の充実に積極的にかかわることが期待されています。

薬学科は豊かな人間性、柔軟な社会性、医療における倫理観を育みながら、医療系薬学及び衛生・社会系薬学を中心とした応用的学問を修得し、高度化する医療において薬物治療の指導者となる資質の高い薬剤師、疾病の予防及び治療に貢献する臨床研究者として活躍する人材を育成します。創薬・生命薬科学科は独創的な発想力、探究心、創薬マインドを育みながら、物理系薬学、化学系薬学、生物系薬学を中心とした基盤的学問を修得し、創薬科学や生命薬科学分野の先端的研究者、医薬品等の開発・生産・管理の場で先導的役割を担う研究者、技術者及び医薬品情報担当者等として活躍する人材を育成します。

本学薬学部では、“薬剤師は知的労働者である”との考えの下、服薬指導から薬創りにいたるまで、複合的、多面的に薬物療法を実践できる薬剤師の養成、薬に関する情報を迅速かつ精確に収集、解析、提供できるようなサイエンスを理解できる薬剤師の養成を目指します。このために、6年間の教育課程を通して、専門的な知識・技術はもちろんのこと、医療人としての教養と高い倫理観、医療現場で通用する実践力を身に付けた、現代の高度・複雑化する医療に対応できる能力を育みます。

薬学科（6年制）：「患者を中心とした医療」を実践するために、薬学に関する高度な専門知識と技術を教授し、臨床に係る実践的な能力を培い、倫理観、使命感、実行力を有し社会で即戦力となる質の高い薬剤師の養成を目的とする。
動物生命薬科学科（4年制）：薬学及び実験動物学の知識を基盤として持ち、医薬品、化粧品、食品、環境及び動物のさまざまな分野において、常に問題解決を念頭に置いて活躍することができる専門家の養成を目的とする。